L’Ecole Saint François-de-Sales a été fondée par des parents soucieux de donner à leurs enfants une formation catholique de qualité. En 1983, Madame Vuagnat accepte d’en prendre la direction. Le Département d’Instruction Publique du canton de Genève donne l’autorisation d’ouverture, et le 5 septembre, 12 élèves pleins d’entrain arrivent à l’Ecole.
Les effectifs croissent progressivement, et en 1989, les Sœurs de la Fraternité Saint-Pie-X viennent apporter un soutien qui dure encore aujourd’hui.
La chapelle actuelle est bénie en mai 1995. C’est l’Abbé Wyler qui a eu l’initiative de ce projet entièrement réalisé dans le style monastique.
La croissance des effectifs fait naître le besoin d’agrandir les bâtiments. En octobre 2003 commence la construction d’une nouvelle aile. La première pierre est posée le 1er mai 2004, lors d’une cérémonie solennelle présidée par Mgr de Galarreta, et en septembre de la même année, le nouveau bâtiment peut rentrer en service.
L’école peut aujourd’hui contenir une soixantaine d’élèves, au grand bonheur des familles catholiques de la région genevoise.